Bionicle mempunyai alur cerita kurang lebih mengenai kisah sekelompok prajurit Toa yang tinggal di pulau Mata Nui. Mereka berusaha memertahankan pulau mereka dari serangan Makuta dan kelompoknya. Mata Nui, pulau yang dihuni oleh para Matoran yang berasal dari Aqua Magna tersebut telah diambil alih oleh Makuta Teridax, salah satu kekuatan jahat tersebut yang rupanya merupakan saudaranya Mata Nui.
Karena peristiwa ini, spirit dari Mata Nui pun melakukan perjalanan menuju Bara Magna untuk mencari bala bantuan. Disanalah, ia bertemu banyak teman sekaligus musuh. Ketika mengetahui bahwa Glatorian, penduduk Bara Magna tengah menghadapi ancaman dari segerombolan Bone Hunters dan Skrall, ia pun bersedia untuk membantu mengusir kelompok tersebut.
