Setelah badai makanan bencana di film pertama, Flint dan teman-temannya terpaksa meninggalkan kota. Flint menerima undangan dari idolanya Chester V untuk bergabung The Live Corp Company, yang telah bertugas untuk membersihkan pulau, dan di mana para penemu terbaik di dunia menciptakan teknologi untuk kemajuan umat manusia. Ketika Flint menemukan bahwa mesinnya masih beroperasi dan sekarang menciptakan binatang makanan mutan seperti acar hidup, tacodiles lapar, shrimpanzees dan apple pie-thons, ia dan teman-temannya harus kembali untuk menyelamatkan dunia.
