Madoka Kaname digunakan untuk menjadi gadis normal yang hidup hari bahagia hidupnya. Ini semua berakhir ketika ia mengorbankan dirinya untuk menyelamatkan gadis ajaib lainnya dari nasib benar-benar kejam yang menanti mereka. Tidak dapat membiarkan kenangan dari Madoka mati, Homura Akemi terus berjuang sendirian di dunia yang Madoka ditinggalkan bagi kemanusiaan dalam rangka untuk melihat senyumnya sekali lagi.